Jaminan Mutu adalah lembaga fungsional yang dibentuk oleh Rektor dengan mandat mengembangkan Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) di UB.

Untuk meningkatkan mutu secara berkelanjutan, relevansi dan efisiensi layanan UB di era global, maka pengelolaan UB membutuhkan Sistem Penjaminan Mutu (SPM). Pada tahun 2002, Rektor UB membentuk Tim Monitoring dan Evaluasi (Monev) dengan tugas melaksanakan sistem pembinaan, pemantauan dan evaluasi implementasi PHK DueLike. Karena kegiatan Tim Monev internal masih terbatas, maka tugas quality control tersebut digantikan oleh Tim Benefit Monitoring and Evaluation (BME) dengan SK Rektor No. 022/SK/2003 tertanggal 04 Maret 2003 beranggotakan tujuh (7) orang. Sejalan dengan program Dikti untuk penyehatan organisasi melalui inisiasi pembentukan unit penjaminan mutu, maka UB merubah peran Monevin PHK yang lebih bersifat quality control menjadi lengkap dengan quality assurance dan quality improvement bidang akademik termasuk Akreditasi Program Studi S-1 (APS) sesuai SK Rektor No. 017A/SK/2005 tertanggal 12 Pebruari 2005 tentang pembentukan Pusat Jaminan Mutu (PJM UB) dengan anggota tujuh (7) orang. Kelembagaan dan tugas tim diperbarui tiap tahun melalui SK Rektor sesuai dinamika dan kapasitas UB. Berdasarkan SK Rektor No. 023A/SK/2006 tertanggal 13 Pebruari 2006, maka tugas PJM UB diperpanjang dengan tugas melanjutkan kegiatan sebelumnya.

Hibah SP4 Batch 3 pada tahun 2005 untuk fungsionalisasi PJM UB telah mempercepat kinerja UB melalui penetapan analisis jabatan, struktur organisasi, sasaran dan tersedianya perangkat dokumen SPM UB. Sampai dengan tahun 2007, SPM UB masih memprioritaskan pada kegiatan akademik. Dokumen akademik dan dokumen mutu yang disusun telah mengacu pada Rencana Strategis 2006-2011 dan Program Kerja Rektor 2007-2011. Berdasarkan SK 010A/SK/2007 tertanggal 19 Januari 2007 ditetapkan tim PJM UB beranggotakan 14 orang perwakilan fakultas/program dengan kualifikasi doktor. Hal ini menunjukkan komitmen untuk pengembangan mutu UB, otonomi dan kompetensi menjalankan tugas. Dengan dukungan dana awal dari Indonesian Managing Higher Education Relevance and Efficiency (IMHERE)Component 2a dan selanjutnya dari Penerimaan Negara Bukan Pajak (PNBP) UB, kegiatan siklus SPM (termasuk kegiatan Audit Internal Mutu = AIM) untuk 50 Unit Kerja Pelaksana Akademik (UKPA: Jurusan dan Fakultas/Program) sudah dilaksanakan rutin dua kali per tahun sejak Nopember 2007 (satu siklus), 2008 (dua siklus), 2009 (dua siklus), 2010 (dua siklus) dan 2011 (dua siklus) sehingga sudah 9 siklus. Sedangkan untuk Unit Kerja Penunjang Pelaksana Akademik 17 (UKPPA: Biro-biro dan unit lain) secara internal sudah diaudit internal mutu dua siklus, bahkan 4 UKPPA sudah diaudit secara eksternal melalui lembaga sertifikasi ISO.