Sistem dokumentasi di Jurusan Budidaya Pertanian Fakultas Pertanian Universitas Brawijaya mengikuti sistem dokumen yang ada di Universitas Brawijaya, baik jenis dokumen maupun sistem kodifikasi, yaitu mengacu pada dokumen yang telah disusun pada implementasi Sistem Penjaminan Mutu Akademik Universitas Brawijaya (2007-2010) dan rujukan dokumen pada butir 2 (Landsan Kebijakan Manajemen Mutu).

Sistem yang dianut adalah hirarki kerucut terbalik: Dokumen Induk (Visi dan Misi (00401 01000), Rencana Strategis (0040102000), Program Kerja (00401 03000), dan Pedoman Pendidikan Jurusan Budidaya Pertanian (00401 04000), Dokumen mutu yaitu Manual Mutu Jurusan Budidaya Pertanian (0040105000), Standar Mutu (00401 04001), Manual Prosedur, Instruksi Kerja, Dokumen Pendukung dan Borang-borang.

Audit mutu dilakukan secara internal dan eksternal berdasarkan dokumen audit mutu Universitas Brawijaya. Audit internal dilaksanakan secara rutin, minimal satu tahun sekalu untuk mengukur terpenuhinya persyaratan SMM dan Standar Mutu yang diterapkan universitas. Audit eksternal dilaksanakan untuk seluruh lembaga dan unit kerja di Universitas Brawijaya dalam mengukur pemenuhan terhadap SMM ISO 9001: 2008 yang dinyatakan dalam kepatuhan, ada tidaknya temuan, dan/atau perolehan sertifikat. Selain itu universitas dan PS di Universitas Brawijaya dinilai oleh Asesor dari BAN-PT untuk menentukan tingkat akreditasi institusi atau PS. Prosedur pengusulan, pelaksanaan dan perolehan akreditasi harus mengikuti ketentuan dan memenuhi persyaratan BAN-PT.